Array CGH原理

小丫

ArrayCGH，又名微阵列比较基因组杂交技术，需提取样本中的基因组DNA，并与基因芯片杂交，杂交结果通过生物信息学的方法，分析样本染色体可能存在的微缺失、微重复。

[li]无需细胞培养[/li][li]全基因组覆盖检测[/li][li]高于核型分析的分辨率[/li][li]准确检测全部染色体非整倍体疾病，以及染色体微缺失、微重复疾病[/li]

图1. ArrayCGH的技术流程

! X6 x; ~$ d3 z$ b) q# V6 m用绿色荧光染料标记待测样本（如：血液或羊水）的DNA，红色荧光染料标记对照样本的DNA。两种标记的DNA经等量混合后，在经过封闭处理的ArrayCGH芯片上进行竞争性杂交，专门的荧光信号接收装置用于分析两种样本荧光信号的强度比率。如果待测样本某区段染色体重复，则该区域显示绿色荧光（绿/红>1）,相应的，染色体缺失区域则显示红色荧光（绿/红<1），待检样本和对照样本染色体片段数目相等的区域显示黄色荧光（绿/红=1）。

, R7 F- F9 F9 `0 [: Z5 r) `
4 P; ?3 U+ F& K) y4 H
7 b. r3 d2 p& k" n# P% h
+ i; l0 u$ i; m0 B. P
具有传统诊断技术无可比拟的优势
( Q, n' U6 e  z9 g' o

( Q1 r1 P! I# N+ r0 X6 o	3 K+ L2 C4 c/ G核型分析	( g) ?$ c; ~8 g5 C! K& PFISH	ArrayCGH
L( z- ~: y- w* S& _- S  {8 Q适用样本类型	有限	有限	广泛
检测范围	; x" N. s: E2 v46条染色体	8 k: O9 k& N3 ]  z+ Z7 M; U. d已知序列特定区段	46条染色体
% I; W" t" e; j; G, q分辨率	5-10Mb	4 j5 k1 O# d: D) t0 t# i5 X大于300kb	30Kb
" d- n: ]0 [$ p# A' E+ P) w& z覆盖疾病种类	少	少	+ D! x4 T8 P  Q% C大于200种
检测时间	: g/ |% d2 _. i! N1 c2 |  u9 |6 W4周	4周	7-10天
2 Z* D$ ^( w- W3 y/ C7 x2 z检测效能	7 D, \) T* `' W* V# r全部染色体	9 h( |) Q) [3 Q0 x0 ?9 `; o一次仅能检测 数个位点	全基因组覆盖
操作难易度	需细胞培养，存在人为误差	要求高，存在人为误差	无需细胞培养，人为误差小
工作量	" R$ V  K8 v% ^4 h( y人工操作，工作量大	9 E7 y; V: _4 `3 O& H2 W( N9 Z人工操作，工作量大	自动化，工作量小

/ Y3 t5 S- V  ], m



( O7 C9 f/ ^$ c: A" lArray CGH在产前诊断领域可用于：
1 B' b( ?! U4 U' l2 T: t) F. l& y
6 {; ~+ n5 O4 N9 n  B; F# L

[li]具有染色体疾病家族病史的夫妇[/li][li]死胎、反复性流产，需要查明原因的夫妇[/li][li]不孕不育，需要查明原因的夫妇[/li][li]产前细胞遗传学诊断不明确[/li][li]超声发现胎儿结构异常 [/li]

小丫

工作中您是否曾面临这样的困扰：

& Z& t: s! |% c0 e

[li]胎儿的超声几项指征显示异常，但核型分析结果却是正常……[/li][li]某对就诊的夫妇结婚多年，一直无法正常孕育孩子，但各项常规检测均正常……[/li][li]某就诊妇女反复流产多次，却一直检测不出准确的原因……[/li][li]…… [/li]

" v/ ~- X. M6 W" S/ b/ V
3 X1 a+ H' V) p, _9 f3 G8 B



Array CGH技术可以为您的工作排忧解难


众多的研究发现，即使胎儿核型分析正常，仍可能存在未被发现的染色体畸变。
- U! q! d+ d6 n# I. L3 PRonald J. Wapner等人对3822例核型正常的样本用ArrayCGH检测，发现96例（2.5%）存在致病或可能致病的染色体拷贝数变异（copy number variations,CNVs）。其中，在超声异常但核型正常的人群中，发现6.0%的染色体致病CNVs；在高龄或唐筛高风险人群中，该比率分别为1.7%和1.6%。

产前诊断指征	正常核型	Array CGH检测结果
		良性CNVs	致病CNVs	不确定CNVs		致病的CNVs &可能致病的CNVs
				可能良性CNVs	可能致病CNVs
高龄	1966	628（31.9%）	9（0.5%）	37（1.9%）	25（1.3%）	34（1.7%）
唐筛高风险	729	247（33.9%）	3（0.4%）	13（1.8%）	9（1.2%）	12（1.6%）
超声异常	755	247（32.7%）	21（2.8%）	16（2.1%）	24（3.2%）	45（6.0%）
其他	372	112（30.1%）	2（0.5%）	3（0.8%）	3（0.8%）	5（1.3%）
总计	3822	1234（32.3%）	35（0.9%）	69（1.8%）	61（1.6%）	96（2.5%）

参考文献：Wapner RJ, et al. Chromosomal microarray versus karyotyping forprenatal diagnosis. N Engl J Med 2012;367:2175-84.
0 F8 P! c/ J7 q8 q; F/ h& ]& X3 m

0 a6 `  Y9 r" q$ [, cAparna Prasad等人比较了Array CGH与另一芯片检测平台SNPArray在检测泛自闭症障碍（autism spectrumdisorder，ASD）患者方面的优劣。分析了615个ASD患者，发现有64%与ASD致病相关的原发性CNVs仅被Array CGH发现，而SNPArray却漏掉了。

% a. `( n5 f+ n0 Z" e参考文献：A. Prasad, et al. A Discovery Resource of Rare Copy NumberVariations in Individuals with Autism Spectrum Disorder. G3 (Bethesda). 2012Dec;2(12):1665-85.