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 ) [$ u- @5 i$ g% u3 o0 ^. v
9 v* F. Q' ^. Y H: U) z; H1、starBase+ l" O& z% m1 J9 s' H" B
一个高通量实验数据CLIP-Seq（或称为HITS-CLIP,PAR-CLIP,iCLIP）和mRNA降解组测序数据支持的microRNA靶标数据库,包含了miRNA-mRNA，miRNA-lncRNA，miRNA-circRNA，miRNA-ceRNA 和RNA-protein等的调控关系。整合和构建多个流行的靶标预测软件的交集和调控关系。最新版本发布时间：2013年11月。6 u9 \, g5 N9 ^* e# q m6 D2 w7 t
网址：http://starbase.sysu.edu.cn/
+ x+ E. H& }* ?0 @9 B& I" t2 K; C" J2、miRbase; L f9 q, G# Q" x# q* a9 H# J
众所周知的microRNA基因注释数据库。目前miRBase只提供了microRNA的靶标的预测软件的链接（如：PicTar）。最新版本发布时间：2010年9月。网址：http://mirbase.org/index.shtml
& c9 J9 B7 @* I% i( p$ Q8 C9 T- g" z; H) x
3、ChIPBase
/ I- i/ i7 h4 P( q( d# b/ c整合CLIP-Seq和ChIP-Seq的数据探讨microRNA的转录和转录后调控，构建转录因子->microRNA->靶标的调控网络。最新版本发布时间：2012年11月。* k$ h7 `! d" G/ Q# f% L
网址：http://deepbase.sysu.edu.cn/chipbase// X8 q& y+ H1 U7 r
4、Tarbase% u& i! F, S, |9 ~2 V j
一个收集已被实验验证的microRNA靶标数据库。最新版本发布时间：2009年1月。
/ H% a, P0 k% O `1 f3 U网址：http://microrna.gr/tarbase/
9 M4 m2 d+ Y, I0 U5、miRecords+ a8 q; Q% l% A% d" k5 o1 q
一个整合的microRNA靶标数据库。整合多个靶标预测软件的调控关系。最新版本发布时间：2010年11月。
" J& l$ D, R6 C- n网址：http://mirecords.biolead.org/6 v8 @ x7 W; p6 e, y$ R% b* n
6、targetScan
; X' f8 N) v2 O( S* O: n0 t. f, @; t5 @基于靶mRNA序列的进化保守等特征搜寻动物的microRNA靶基因。是预测microRNA靶标假阳性率较低的软件。而且是microRNA领域大牛Bartel实验室开发的。最新版本发布时间：2009年4月。% D2 l* d9 H5 N& Q( J) y! Z. z; {
网址：http://www.targetscan.org/. L3 Z/ d4 Q, Q* }$ g( m# U0 y
7、PicTar) L3 o7 n6 z4 r7 m4 Z* j$ I1 X
基于microRNA或microRNA靶标联合作用等特征开发的搜寻动物的microRNA靶基因。假阳性率也较低。是microRNA领域大牛Rajewsky实验室开发的。最新版本发布时间：2007年3月。8 i; M$ O9 m) |) r: L& G; y1 a
网址：http://pictar.mdc-berlin.de/
$ L+ q2 K% s. W: j: j$ O8、PITA
3 M5 I- m3 z; B3 P9 e% g; x( \基于靶位点的可接性和自由能预测microRNA的靶标。是著名的生物信息学家Segal实验室开发的。最新版本发布时间：2008年8月。
$ l" o3 F6 R, J* m* i6 N1 ]2 p6 O8 D B网址：http://genie.weizmann.ac.il/pubs/mir07/mir07_data.html/* j( W! s" c2 e0 h. S0 l* J
9、RNA22
7 g9 l9 z" L% _6 ~* o基于序列特征预测microRNA的结合位点。是几个流行的microRNA靶标预测软件的其中一个。IBM公司的研究团队开发的。最新版本发布时间：2007年。
2 H+ b3 @# R, ~3 q8 Z2 e0 j: E$ P* h网址：http://cbcsrv.watson.ibm.com/rna22.html/* n V" B7 K; Z2 U( n
10、miRanda和microRNA.org
* R6 q4 ~) ~$ v是著名的MemorialSloan-Kettering 癌症研究中心的研究人员开发的软件和数据库。miRanda的最新版本又叫mirSVR。最新版本发布时间：2010年8月。# q' y' [! ^+ s6 R' _5 r6 n" A
网址：http://www.microrna.org/microrna/home.do/
4 Q+ R6 p- K( I: N11、MicroCosm
& k/ b9 F) V# R; ~9 X; p0 `. E) K4 yEMBL-EBI的Enright 实验室开发的microRNA靶标数据库。最新版本发布时间：2010年8月。
' [6 i5 @+ u% l% Z3 q/ e网址：http://www.ebi.ac.uk/enright-srv/microcosm/htdocs/targets/v5/8 z* r* O3 t6 a' g* F
12、miRTarBase, h% @# s- g2 J4 o" O0 w7 Y0 y- ~
整合实验证实的microRNA靶标的数据库。最新版本发布时间：2010年10月。# }; p8 a) r) N/ _' S6 \ F
网址：http://mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw/index.html/: S* z5 ~) P1 v5 k( j
13、miRGator v2.06 A- c' a4 J1 t2 F2 S9 G
整合microRNA表达、靶标和疾病相关信息的数据库。最新版本发布时间：2010年11月。
. Z4 J# i4 ]) x; U网址：http://mirgator.kobic.re.kr:8080/MEXWebApp/
: p3 e2 e/ w6 [. g4 R14、MiRNAMap
% ~. d3 H) p s) m X# [1 Y动物的microRNA基因及其靶标的数据库。最新版本发布时间：2008年1月。
9 u( n6 w; R5 [! D4 F( a6 C网址：http://mirnamap.mbc.nctu.edu.tw/- y% g4 x2 A0 }$ A' \
15、miRDB* f" m% x. q8 }2 U" y: r; e
动物microRNA靶标预测和功能注释数据库。最新版本发布时间：2010年8月。1 p% S/ x F! |9 ]
网址：http://mirdb.org/miRDB/
! b, e0 T3 Y6 I/ L* d- [( n2 b16、RNAhybrid
. G% i' x7 p: P# m1 g0 i一个基于miRNA-target配对自由能预测microRNA的靶标。最新版本发布时间：2011年6月。' c" z! T5 Y% X- {1 @) X
网址：http://bibiserv.techfak.uni-bielefeld.de/
; R1 @* [; A- D8 S+ U17、miRGen
7 A2 x$ U' Z) J l( ~# t; q+ vmicroRNA基因和microRNA靶标数据库。最新版本发布时间：2007年1月。$ l* h1 S9 g7 n8 z
网址：http://www.diana.pcbi.upenn.edu/miRGen.html/ |
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发表于 2014-8-15 14:58:05
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