工具：miRNA数据库大全

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: ~' Z4 t1 r- H$ Q- v: h1 ?% r1、starBase
0 z, s' W7 t) A- b: L一个高通量实验数据CLIP-Seq（或称为HITS-CLIP,PAR-CLIP,iCLIP）和mRNA降解组测序数据支持的microRNA靶标数据库,包含了miRNA-mRNA，miRNA-lncRNA，miRNA-circRNA，miRNA-ceRNA 和RNA-protein等的调控关系。整合和构建多个流行的靶标预测软件的交集和调控关系。最新版本发布时间：2013年11月。
9 P% z/ ~% U  O# j9 H  [网址：http://starbase.sysu.edu.cn/
2、miRbase
众所周知的microRNA基因注释数据库。目前miRBase只提供了microRNA的靶标的预测软件的链接（如：PicTar）。最新版本发布时间：2010年9月。网址：http://mirbase.org/index.shtml

3、ChIPBase
整合CLIP-Seq和ChIP-Seq的数据探讨microRNA的转录和转录后调控，构建转录因子->microRNA->靶标的调控网络。最新版本发布时间：2012年11月。
; L! y* U6 x$ k: [! a* g1 b网址：http://deepbase.sysu.edu.cn/chipbase/
, c+ S  M( V7 r  s3 a4、Tarbase
一个收集已被实验验证的microRNA靶标数据库。最新版本发布时间：2009年1月。
$ @# Y, d2 O: j) c  W. X6 o4 B网址：http://microrna.gr/tarbase/
) n/ _9 M1 u4 t8 R5、miRecords
一个整合的microRNA靶标数据库。整合多个靶标预测软件的调控关系。最新版本发布时间：2010年11月。
网址：http://mirecords.biolead.org/
6、targetScan
& e) V( g9 l. B" p# A9 ~" @: B基于靶mRNA序列的进化保守等特征搜寻动物的microRNA靶基因。是预测microRNA靶标假阳性率较低的软件。而且是microRNA领域大牛Bartel实验室开发的。最新版本发布时间：2009年4月。
网址：http://www.targetscan.org/
7、PicTar
% L& i) n/ r% F! A2 Y* Z1 w基于microRNA或microRNA靶标联合作用等特征开发的搜寻动物的microRNA靶基因。假阳性率也较低。是microRNA领域大牛Rajewsky实验室开发的。最新版本发布时间：2007年3月。
) T0 J* s6 [9 K! E网址：http://pictar.mdc-berlin.de/
8、PITA
基于靶位点的可接性和自由能预测microRNA的靶标。是著名的生物信息学家Segal实验室开发的。最新版本发布时间：2008年8月。
1 }$ Q2 F- r' u网址：http://genie.weizmann.ac.il/pubs/mir07/mir07_data.html/
  x, \4 v* L& O, d4 x6 b9、RNA22
6 m, `! o. k4 N! F: `  X1 z( b基于序列特征预测microRNA的结合位点。是几个流行的microRNA靶标预测软件的其中一个。IBM公司的研究团队开发的。最新版本发布时间：2007年。
9 O" [3 u  v- @3 L网址：http://cbcsrv.watson.ibm.com/rna22.html/
' Z% c9 R$ q7 v% j$ H5 D3 ~" P10、miRanda和microRNA.org
  U( Y! R2 A, e: s: s4 L5 }2 O) j是著名的MemorialSloan-Kettering 癌症研究中心的研究人员开发的软件和数据库。miRanda的最新版本又叫mirSVR。最新版本发布时间：2010年8月。
4 z$ \- j4 K1 `3 V网址：http://www.microrna.org/microrna/home.do/
11、MicroCosm
EMBL-EBI的Enright 实验室开发的microRNA靶标数据库。最新版本发布时间：2010年8月。
7 z, b' _0 w; y! H+ p) a) |( }2 z2 h网址：http://www.ebi.ac.uk/enright-srv/microcosm/htdocs/targets/v5/
' e5 K( x0 R9 ~* I2 p12、miRTarBase
$ Q6 S# M/ k& M9 g' ~整合实验证实的microRNA靶标的数据库。最新版本发布时间：2010年10月。
1 b6 X/ L" Y9 |$ F9 y网址：http://mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw/index.html/
& v0 U& i& }" j, k3 ]$ m13、miRGator v2.0
. h/ s: I5 q# w! ?# L整合microRNA表达、靶标和疾病相关信息的数据库。最新版本发布时间：2010年11月。
网址：http://mirgator.kobic.re.kr:8080/MEXWebApp/
14、MiRNAMap
& ~: W+ d# i, p/ U+ X9 y4 H动物的microRNA基因及其靶标的数据库。最新版本发布时间：2008年1月。
- q0 D! N0 x3 |7 `网址：http://mirnamap.mbc.nctu.edu.tw/
* V& V. O8 C+ b0 b6 }15、miRDB
动物microRNA靶标预测和功能注释数据库。最新版本发布时间：2010年8月。
( `0 S* E: \1 z/ L9 N网址：http://mirdb.org/miRDB/
) G7 n! G. `! D* k% R* V- m* X$ x" r) B16、RNAhybrid
+ Q" T0 s. P0 ~  ?# r9 h一个基于miRNA-target配对自由能预测microRNA的靶标。最新版本发布时间：2011年6月。
9 [, R. \6 Q9 A: s1 O+ C! y7 y网址：http://bibiserv.techfak.uni-bielefeld.de/
17、miRGen
, I* |7 z1 t3 _0 j+ F8 amicroRNA基因和microRNA靶标数据库。最新版本发布时间：2007年1月。
网址：http://www.diana.pcbi.upenn.edu/miRGen.html/