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 9 k" ~8 Y2 G5 K* z& ]& L: L+ |6 k% I
1、starBase1 x2 V9 b/ ?) ?' C. |1 y
一个高通量实验数据CLIP-Seq（或称为HITS-CLIP,PAR-CLIP,iCLIP）和mRNA降解组测序数据支持的microRNA靶标数据库,包含了miRNA-mRNA，miRNA-lncRNA，miRNA-circRNA，miRNA-ceRNA 和RNA-protein等的调控关系。整合和构建多个流行的靶标预测软件的交集和调控关系。最新版本发布时间：2013年11月。2 m1 y. C4 N& Z% `8 I7 ]8 @" A/ ]
网址：http://starbase.sysu.edu.cn/" r6 U! x% Y: ~$ S5 K' U7 W
2、miRbase
) `1 q* ^4 k7 _; \& i众所周知的microRNA基因注释数据库。目前miRBase只提供了microRNA的靶标的预测软件的链接（如：PicTar）。最新版本发布时间：2010年9月。网址：http://mirbase.org/index.shtml( I- c# J4 ?: L x3 q M6 Y# F0 c- f& Y
) p+ T- V# ]" U4 M ^. O3、ChIPBase
- N E2 B8 {/ \; r0 q整合CLIP-Seq和ChIP-Seq的数据探讨microRNA的转录和转录后调控，构建转录因子->microRNA->靶标的调控网络。最新版本发布时间：2012年11月。
2 _" }7 b$ P% m+ Z9 f& l, c2 k网址：http://deepbase.sysu.edu.cn/chipbase/3 v* R; g# f" d( Y
4、Tarbase0 r: ]' }( ~& q( V# b" u6 J' X9 u' A
一个收集已被实验验证的microRNA靶标数据库。最新版本发布时间：2009年1月。2 h2 q8 E: N( P
网址：http://microrna.gr/tarbase/
3 f& z! ?0 }& Y+ O- Z5、miRecords! U1 |. g, ]. A( r# E4 ^: _
一个整合的microRNA靶标数据库。整合多个靶标预测软件的调控关系。最新版本发布时间：2010年11月。
0 j6 U" P" f& h; i4 `8 v网址：http://mirecords.biolead.org/
3 _+ d9 a% V9 Y; c- \7 C6、targetScan
. q: i+ d* U V c j基于靶mRNA序列的进化保守等特征搜寻动物的microRNA靶基因。是预测microRNA靶标假阳性率较低的软件。而且是microRNA领域大牛Bartel实验室开发的。最新版本发布时间：2009年4月。
- f. X: _& ^- \# c; f T7 q网址：http://www.targetscan.org/
% ]- S! a$ V- s. Z: H+ u7、PicTar
0 C; s$ i% ]; o; |3 d- p基于microRNA或microRNA靶标联合作用等特征开发的搜寻动物的microRNA靶基因。假阳性率也较低。是microRNA领域大牛Rajewsky实验室开发的。最新版本发布时间：2007年3月。
/ u0 d; Q8 i% F网址：http://pictar.mdc-berlin.de/ h" m& j: h7 M0 R9 {% P0 z N
8、PITA
1 S: b& {7 ?& c( {' B9 _' ]基于靶位点的可接性和自由能预测microRNA的靶标。是著名的生物信息学家Segal实验室开发的。最新版本发布时间：2008年8月。 M9 Y+ D6 A" `2 y& @
网址：http://genie.weizmann.ac.il/pubs/mir07/mir07_data.html/% i( J, H! z$ O8 I1 i5 C
9、RNA22
$ r" E, x+ E* i- c' F5 s5 H$ _. K# @8 N基于序列特征预测microRNA的结合位点。是几个流行的microRNA靶标预测软件的其中一个。IBM公司的研究团队开发的。最新版本发布时间：2007年。
3 ]1 }! [. e. ^4 p. d/ d4 p' l网址：http://cbcsrv.watson.ibm.com/rna22.html/- `/ a C% W- S6 t# e7 y1 z
10、miRanda和microRNA.org: K8 o. }7 P. o6 R5 \* \* e J
是著名的MemorialSloan-Kettering 癌症研究中心的研究人员开发的软件和数据库。miRanda的最新版本又叫mirSVR。最新版本发布时间：2010年8月。7 K& V. I2 a% }/ H2 w; \ @. N
网址：http://www.microrna.org/microrna/home.do/+ q1 Q. G) V) u1 H4 b: K
11、MicroCosm
/ P" B9 O- J+ W- z- Y1 k4 |EMBL-EBI的Enright 实验室开发的microRNA靶标数据库。最新版本发布时间：2010年8月。0 l( S3 `& t/ |& S7 R& C
网址：http://www.ebi.ac.uk/enright-srv/microcosm/htdocs/targets/v5/
0 ]! o. R* M9 E12、miRTarBase7 O: v4 Y8 p- S1 m
整合实验证实的microRNA靶标的数据库。最新版本发布时间：2010年10月。
. G; B3 M/ @5 |! O- t- M网址：http://mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw/index.html/
; E! {8 t2 E o13、miRGator v2.0
' b8 b* Z6 a6 _! ?) _整合microRNA表达、靶标和疾病相关信息的数据库。最新版本发布时间：2010年11月。5 v7 d# R6 L; H' c$ n2 ?2 r- q
网址：http://mirgator.kobic.re.kr:8080/MEXWebApp/$ S0 Z: D9 T- a" e3 j
14、MiRNAMap
$ x. F! H! s) E6 ]( b, R1 T动物的microRNA基因及其靶标的数据库。最新版本发布时间：2008年1月。: Z* d9 P3 Y4 H* I3 X& {
网址：http://mirnamap.mbc.nctu.edu.tw/ Y( r* p l6 a. R/ U+ P( m
15、miRDB) t+ K0 T& z0 n, W' h& a7 \
动物microRNA靶标预测和功能注释数据库。最新版本发布时间：2010年8月。
2 r S4 {% \1 H9 O, T5 U0 k网址：http://mirdb.org/miRDB/' A( v- h+ l4 ]+ |4 I4 T
16、RNAhybrid
2 L2 o8 c$ F& C( A一个基于miRNA-target配对自由能预测microRNA的靶标。最新版本发布时间：2011年6月。5 @" F1 I+ e& k' g9 m
网址：http://bibiserv.techfak.uni-bielefeld.de/+ X5 N8 Q# h8 Z* d* ], f+ n. a7 ^
17、miRGen
5 S; F# F. }; _) ?microRNA基因和microRNA靶标数据库。最新版本发布时间：2007年1月。
5 `, m, f$ Z2 q5 ~+ r; }网址：http://www.diana.pcbi.upenn.edu/miRGen.html/ |
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发表于 2014-8-15 14:58:05
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