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探索lncRNA的世界,当然需要一定的工具。所幸,lncRNA与mRNA有些相似,故标准的基因表达分析工具(如cDNA制备、定量PCR、芯片、测序)也能派上用场。据专家介绍,唯一需要注意的就是灵敏度。美国Beckman研究所的John Rossi认为,分离和研究lncRNA不需要特殊的工具,但需要方法来检测它们,因为它们通常丰度很低。7 B: q1 j- [8 m% q
lncRNA研究的技术路线可参照mRNA或miRNA:借助芯片来研究差异表达的lncRNA,之后通过qPCR或Northern blot来验证。接下来就是特定lncRNA的功能分析,RNA干扰、过表达等等。8 Q5 I6 V8 X2 B) K/ e* _
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对于lncRNA的表达谱分析而言,芯片是个强大的工具。目前有多家公司提供lncRNA的芯片和服务,包括Arraystar、Affymetrix、安捷伦等。$ i/ O/ J6 v: s5 ~
美国Arraystar公司自2009年起一直专注于lncRNA芯片的开发,如今已推出第三代产品——Arraystar Human LncRNA Microarray v3.0。其国内代理公司为康成生物,独家提供Arraystar lncRNA芯片技术服务。据介绍,目前康成客户在此方面的研究文章已达11篇,其中3篇发表在著名肝脏疾病杂志《Hepatology》上。 _/ F0 I0 \% N; h. `
LncRNA芯片让您能够在单张芯片上同时分析lncRNA和mRNA的表达谱。这样,您不仅能够了解差异表达的lncRNA和mRNA,还能清楚它们之间的关联。与传统芯片不同,Arraystar Human LncRNA Microarray v3.0采用了“转录本特异”的探针设计,可准确检测由一条原始转录本来源的不同RNA。此外,v3.0芯片增加两种探针,分别检测带开放阅读框的潜在lncRNA以及转录的假基因。& Y+ p1 {6 I0 A, D( u4 S
Arraystar也独创了自己的lncRNA核心数据库,并定期更新。v3.0芯片正是充分利用了该数据库的最新信息,让您能够通过这款芯片产品获得更全面、更权威的lncRNA数据。了解更多
! c. P6 @8 N" V1 b老牌的生物芯片公司Affymetrix最新推出的GeneChip? Human Transcriptome Array 2.0(HTA2.0)基因表达芯片,覆盖8个权威数据库,可以同时检测mRNA和lncRNA,包括245,349个编码转录本和40,914个非编码转录本。HTA2.0芯片是一款全转录组芯片,即可以在全转录组水平分析基因表达变化(包括基因水平和外显子水平),克服了传统3’IVT表达谱芯片检测信息不完整的弊端。
' q* o3 _+ Q4 Q6 ^$ j传统的3’IVT表达谱芯片通常将探针设计在转录本3’端,无法检测3’端缺失的转录本异构体,也无法检测可变剪切事件的发生。HTA2.0提供了超高密度的芯片设计,总探针数接近700万条,为每个外显子设计了约10条探针,为每个转录本设计超过140条探针,可以提供基因水平分析和外显子水平分析;同时针对可变剪切也设计了近34万条探针,实现了可变剪切的检测分析。
1 l0 W/ F, Z1 V" k$ o6 h通过此芯片检测,您可对目前所有已知的人类lncRNA进行检测,快速获得与特定生物学过程或疾病相关的lncRNA的表达变化,以及在其调控下,mRNA表达的差异。在一张芯片上开展两个水平的研究,可提高研究效率,有助于阐明这些lncRNA的生物学功能以及发现特定疾病的分子标志物。了解HTA2.0的更多信息0 M6 D- p4 L- R" k. V9 ` Q x
安捷伦的SurePrint G3基因表达谱芯片也将编码和非编码RNA整合在单张芯片上,实现了lncRNA 和蛋白编码基因的同步检测。这是安捷伦与 John Rinn 实验室(隶属于麻省理工学院-哈佛大学Broad研究所)合作的成果。
) I! H' X- B3 E' A- C这款8x60K的芯片在2010年首次推出,如今已升级到第2版,更好地反映了目前对lncRNA表达和结构的了解。2011年秋天,John Rinn 实验室的Moran Cabili及其同事深入研究了来自24个人类组织和细胞系的RNA-seq数据集,并鉴定出近8,200个假定lncRNA,包括4,662个严格的lncRNA。第二版的芯片正是反映了lncRNA目录的更新,同时也包含了新的mRNA探针。) S# m8 N- }) V+ D4 z" n. P
SurePrint G3人类基因表达谱v2芯片具有宽广的动态范围(超过五个数量级)和极高的灵敏度,可同时检测样本中的低表达和高表达目标。安捷伦的芯片一贯灵活,充分支持研究者设计与其实验相关的各种定制芯片。 |
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