利用芯片来揭开lncRNA的秘密

小丫

长链非编码RNA（lncRNA）通常被认为是转录本长度超过200 nt的RNA分子。这样，lncRNA就与microRNA、siRNA、piRNA等小分子RNA区分开来。它们本身并不编码蛋白，而是以RNA的形式在多种层面上（表观遗传调控、转录调控以及转录后调控等）调控基因的表达水平。
7 X0 B7 l+ v0 T& w( k3 t1 @随着lncRNA不断地被发现，人们开始关注lncRNA在各种生物学过程以及疾病中所起到的作用。对于这个新兴的研究领域，大家可能有点兴趣，但又不知从何下手。其实可参照miRNA的研究流程，借助芯片来研究差异表达的lncRNA，之后通过qPCR或Northern blot来验证。接下来就是特定lncRNA的功能分析，siRNA干扰、过表达等等。
0 ~* k# X$ G: y1 p1 S1 `Arraystar是最早提供LncRNA芯片服务的公司之一，其国内代理为康成生物公司，提供Arraystar LncRNA芯片的全程技术服务。Arraystar提供了两项突破性的服务，Arraystar LncRNA表达和启动子芯片，这让它成为该研究领域的领头羊。
# s6 e2 |! I) y+ V: y7 T. }LncRNA芯片让您能够在单张芯片上同时分析lncRNA和mRNA的表达谱。这样，您不仅能够了解差异表达的lncRNA和mRNA，还能清楚它们之间的关联。而全新的启动子芯片则是市场上第一款此类产品，让您能够分析lncRNA和mRNA中基因启动子上的蛋白结合或甲基化位点。这两款芯片将协助您找到影响表达水平改变的重要机制。
LncRNA芯片覆盖所有来自Refseq、UCSC Known Gene4、NRED、RNAdb 2.0、H-InvDB 7.0等权威数据库的转录本，并在此基础上收录了相关文献中报道的lncRNA，相当全面。目前有人、大鼠、小鼠三个物种的产品可供选择。芯片探针为~60mer的长寡核苷酸，这些长寡核苷酸探针在高严谨杂交条件下可得到高灵敏度及高特异性的理想实验结果。同时针对每条序列都设计了多条探针，增加了信号的可靠度。
国内已经有科学家利用Arraystar公司的LncRNA芯片取得了重大成果。第二军医大学的孙树汉教授课题组利用LncRNA芯片对肝癌及癌旁组织进行系统性筛查，发现lncRNA-HEIH在乙型肝炎病毒（HBV）导致的肝癌（HCC）发生中起重要作用，研究成果发表在《Hepatology》杂志上（其中LncRNA芯片实验在康成公司完成）。
$ A( U; e, x* I4 j  s他们利用芯片对相应的肝癌和癌旁组织的LncRNA表达谱进行了比较，找到了一个在癌组织中特异高表达的LncRNA（lncRNA-HEIH）。结合病人生存时间等临床数据进行关联分析，发现lncRNA-HEIH的表达水平可以作为病人生存时间的预测标志，并且与癌症的复发有较高的相关性。这些结果表明，lncRNA-HEIH有望成为病毒型肝癌的一个新的早期诊断标志或治疗靶点。实验思路和技术路线详见http://www.ebiotrade.com/newsf/2011-8/201189143450297.htm。