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 , B# O8 R9 F- k: j$ f
: ^# Z1 v5 U9 c- g) `* _1 @1、starBase9 R! j% X/ s2 ?+ P7 _) E# N
一个高通量实验数据CLIP-Seq（或称为HITS-CLIP,PAR-CLIP,iCLIP）和mRNA降解组测序数据支持的microRNA靶标数据库,包含了miRNA-mRNA，miRNA-lncRNA，miRNA-circRNA，miRNA-ceRNA 和RNA-protein等的调控关系。整合和构建多个流行的靶标预测软件的交集和调控关系。最新版本发布时间：2013年11月。3 s, F1 L5 l$ y" \1 f6 ~- ]
网址：http://starbase.sysu.edu.cn/$ N7 L8 s+ V! [* r+ D. L
2、miRbase, l/ v4 f+ ~8 _- U1 w
众所周知的microRNA基因注释数据库。目前miRBase只提供了microRNA的靶标的预测软件的链接（如：PicTar）。最新版本发布时间：2010年9月。网址：http://mirbase.org/index.shtml$ c* \! S' u. t( ]) W/ A! s B
5 q$ ^$ [# u4 U. h- G' R
3、ChIPBase
0 z: J- N3 c$ }& @7 f: ?整合CLIP-Seq和ChIP-Seq的数据探讨microRNA的转录和转录后调控，构建转录因子->microRNA->靶标的调控网络。最新版本发布时间：2012年11月。4 ?2 B$ {/ b& j) g# x# K. Y- t( O
网址：http://deepbase.sysu.edu.cn/chipbase/! u0 o, Z$ B/ G2 I- d) i
4、Tarbase6 a$ }: g8 c! x
一个收集已被实验验证的microRNA靶标数据库。最新版本发布时间：2009年1月。
: `' y( O2 |5 c8 E4 K9 R网址：http://microrna.gr/tarbase/
" O/ J Q- `! {( _$ ?5、miRecords! {9 C+ y$ m( s+ t9 v
一个整合的microRNA靶标数据库。整合多个靶标预测软件的调控关系。最新版本发布时间：2010年11月。7 N9 t8 y7 f8 Q' {
网址：http://mirecords.biolead.org/
; @& A, d3 Q/ [/ N- @6、targetScan/ a2 w w. r6 i; `. n
基于靶mRNA序列的进化保守等特征搜寻动物的microRNA靶基因。是预测microRNA靶标假阳性率较低的软件。而且是microRNA领域大牛Bartel实验室开发的。最新版本发布时间：2009年4月。
6 a" E" m0 `0 l7 I3 b网址：http://www.targetscan.org/9 b8 t4 R8 O' P* l+ `+ B
7、PicTar
; J+ \2 j9 V; {8 ^) Y基于microRNA或microRNA靶标联合作用等特征开发的搜寻动物的microRNA靶基因。假阳性率也较低。是microRNA领域大牛Rajewsky实验室开发的。最新版本发布时间：2007年3月。
- f& [) a. W' C+ e+ b/ p; u' F/ p0 l网址：http://pictar.mdc-berlin.de/5 _+ V9 v5 F @: @, A$ F7 T* A
8、PITA* J( i' q' H! |/ G/ E5 Y4 n
基于靶位点的可接性和自由能预测microRNA的靶标。是著名的生物信息学家Segal实验室开发的。最新版本发布时间：2008年8月。
0 |- Z- y0 I( Y% v/ X网址：http://genie.weizmann.ac.il/pubs/mir07/mir07_data.html// j; ^. I6 a$ R" ~
9、RNA220 I2 b1 c- z S- T; h/ y z
基于序列特征预测microRNA的结合位点。是几个流行的microRNA靶标预测软件的其中一个。IBM公司的研究团队开发的。最新版本发布时间：2007年。( p5 ] L3 T/ C6 O
网址：http://cbcsrv.watson.ibm.com/rna22.html/
. F( p/ o; K3 p( b10、miRanda和microRNA.org2 `) q( U& T* d6 r$ `: U/ r
是著名的MemorialSloan-Kettering 癌症研究中心的研究人员开发的软件和数据库。miRanda的最新版本又叫mirSVR。最新版本发布时间：2010年8月。
1 t, ]3 a8 p# w7 r2 z. ~网址：http://www.microrna.org/microrna/home.do/. z- v0 k* U2 w! K
11、MicroCosm1 r9 y0 Q! n. Z) x) F
EMBL-EBI的Enright 实验室开发的microRNA靶标数据库。最新版本发布时间：2010年8月。. i3 g: x0 @ E( P
网址：http://www.ebi.ac.uk/enright-srv/microcosm/htdocs/targets/v5/7 w. D2 W$ ?. z% u; d! `' H f
12、miRTarBase
* U n' k& Z% ~! a, P! e整合实验证实的microRNA靶标的数据库。最新版本发布时间：2010年10月。
# Q1 F9 r( `, u7 y, {, t3 c网址：http://mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw/index.html/
/ H+ }7 A- H, k8 u: p$ {13、miRGator v2.0
3 p% Q: U2 E. x% `6 @5 N6 f( m4 a整合microRNA表达、靶标和疾病相关信息的数据库。最新版本发布时间：2010年11月。9 U0 X, X; R7 K7 p" [
网址：http://mirgator.kobic.re.kr:8080/MEXWebApp/
1 c; V7 K y0 R7 L/ t* D% s14、MiRNAMap
# i) ?0 t r3 g5 E动物的microRNA基因及其靶标的数据库。最新版本发布时间：2008年1月。
! |% x p3 T8 a3 C网址：http://mirnamap.mbc.nctu.edu.tw/6 S6 ?) `3 {6 D8 L
15、miRDB- a. M( [% t4 [% @
动物microRNA靶标预测和功能注释数据库。最新版本发布时间：2010年8月。
+ t! {1 U o% f8 _' Y8 E* L网址：http://mirdb.org/miRDB/% o# Z+ t* @8 k2 f5 o
16、RNAhybrid& t! Y E% q( }: C8 ~ C
一个基于miRNA-target配对自由能预测microRNA的靶标。最新版本发布时间：2011年6月。1 ]0 ~: ?4 i' W
网址：http://bibiserv.techfak.uni-bielefeld.de/
1 X5 _( X" j# N* x1 K+ C17、miRGen6 G' B, Y w( C
microRNA基因和microRNA靶标数据库。最新版本发布时间：2007年1月。
2 G5 k/ F- L! ?. Q网址：http://www.diana.pcbi.upenn.edu/miRGen.html/ |
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发表于 2014-8-15 14:58:05
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