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标题:
工具：miRNA数据库大全
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作者:
小丫
时间:
2014-8-15 14:58
标题:
工具：miRNA数据库大全
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1、starBase
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一个高通量实验数据CLIP-Seq（或称为HITS-CLIP,PAR-CLIP,iCLIP）和mRNA降解组测序数据支持的microRNA靶标数据库,包含了miRNA-mRNA，miRNA-lncRNA，miRNA-circRNA，miRNA-ceRNA 和RNA-protein等的调控关系。整合和构建多个流行的靶标预测软件的交集和调控关系。最新版本发布时间：2013年11月。
/ O& c3 W4 Z! V1 v9 L! N
网址：
http://starbase.sysu.edu.cn/
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2、miRbase
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众所周知的microRNA基因注释数据库。目前miRBase只提供了microRNA的靶标的预测软件的链接（如：PicTar）。最新版本发布时间：2010年9月。网址：
http://mirbase.org/index.shtml
5 s% A+ a4 o( C
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3、ChIPBase
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整合CLIP-Seq和ChIP-Seq的数据探讨microRNA的转录和转录后调控，构建转录因子->microRNA->靶标的调控网络。最新版本发布时间：2012年11月。
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网址：
http://deepbase.sysu.edu.cn/chipbase/
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4、Tarbase
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一个收集已被实验验证的microRNA靶标数据库。最新版本发布时间：2009年1月。
6 k _. u8 H3 N4 l/ l
网址：
http://microrna.gr/tarbase/
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5、miRecords
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一个整合的microRNA靶标数据库。整合多个靶标预测软件的调控关系。最新版本发布时间：2010年11月。
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网址：
http://mirecords.biolead.org/
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6、targetScan
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基于靶mRNA序列的进化保守等特征搜寻动物的microRNA靶基因。是预测microRNA靶标假阳性率较低的软件。而且是microRNA领域大牛Bartel实验室开发的。最新版本发布时间：2009年4月。
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网址：
http://www.targetscan.org/
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7、PicTar
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基于microRNA或microRNA靶标联合作用等特征开发的搜寻动物的microRNA靶基因。假阳性率也较低。是microRNA领域大牛Rajewsky实验室开发的。最新版本发布时间：2007年3月。
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网址：
http://pictar.mdc-berlin.de/
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8、PITA
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基于靶位点的可接性和自由能预测microRNA的靶标。是著名的生物信息学家Segal实验室开发的。最新版本发布时间：2008年8月。
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网址：
http://genie.weizmann.ac.il/pubs/mir07/mir07_data.html/
( N1 x( `; n8 S/ @! }6 I
9、RNA22
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基于序列特征预测microRNA的结合位点。是几个流行的microRNA靶标预测软件的其中一个。IBM公司的研究团队开发的。最新版本发布时间：2007年。
) k+ ^( t9 v1 N0 c! S$ f, b- I
网址：
http://cbcsrv.watson.ibm.com/rna22.html/
y) y1 k3 |) J& q
10、miRanda和microRNA.org
3 z2 N( _% E, Y# O, a! x
是著名的MemorialSloan-Kettering 癌症研究中心的研究人员开发的软件和数据库。miRanda的最新版本又叫mirSVR。最新版本发布时间：2010年8月。
4 _$ R/ X# r# A1 H
网址：
http://www.microrna.org/microrna/home.do/
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11、MicroCosm
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EMBL-EBI的Enright 实验室开发的microRNA靶标数据库。最新版本发布时间：2010年8月。
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网址：
http://www.ebi.ac.uk/enright-srv/microcosm/htdocs/targets/v5/
4 k" h$ @- g+ g9 C9 L* S& \' V
12、miRTarBase
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整合实验证实的microRNA靶标的数据库。最新版本发布时间：2010年10月。
4 B% J' S3 L) k& k8 ?" r/ c! ^
网址：
http://mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw/index.html/
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13、miRGator v2.0
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整合microRNA表达、靶标和疾病相关信息的数据库。最新版本发布时间：2010年11月。
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网址：
http://mirgator.kobic.re.kr:8080/MEXWebApp/
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14、MiRNAMap
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动物的microRNA基因及其靶标的数据库。最新版本发布时间：2008年1月。
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网址：
http://mirnamap.mbc.nctu.edu.tw/
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15、miRDB
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动物microRNA靶标预测和功能注释数据库。最新版本发布时间：2010年8月。
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网址：
http://mirdb.org/miRDB/
3 o E+ r% E' L5 m8 y
16、RNAhybrid
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一个基于miRNA-target配对自由能预测microRNA的靶标。最新版本发布时间：2011年6月。
5 C* q, M/ F% A% J1 e
网址：
http://bibiserv.techfak.uni-bielefeld.de/
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17、miRGen
1 a% W; o* p: A+ E. R# a- P W
microRNA基因和microRNA靶标数据库。最新版本发布时间：2007年1月。
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网址：
http://www.diana.pcbi.upenn.edu/miRGen.html/
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