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标题: Array CGH原理 [打印本页]
作者: 小丫    时间: 2013-12-1 21:31
标题: Array CGH原理
ArrayCGH，又名微阵列比较基因组杂交技术，需提取样本中的基因组DNA，并与基因芯片杂交，杂交结果通过生物信息学的方法，分析样本染色体可能存在的微缺失、微重复。
图1. ArrayCGH的技术流程

4 f, i7 i4 c4 P) x# N: q- \用绿色荧光染料标记待测样本（如：血液或羊水）的DNA，红色荧光染料标记对照样本的DNA。两种标记的DNA经等量混合后，在经过封闭处理的ArrayCGH芯片上进行竞争性杂交，专门的荧光信号接收装置用于分析两种样本荧光信号的强度比率。如果待测样本某区段染色体重复，则该区域显示绿色荧光（绿/红>1）,相应的，染色体缺失区域则显示红色荧光（绿/红<1），待检样本和对照样本染色体片段数目相等的区域显示黄色荧光（绿/红=1）。
7 I4 ]' o$ |  c; }2 I, I5 [
2 c& A" o5 t7 f
) P0 O+ c  N3 K5 h; A$ A6 S& p, i, D4 ~# F4 [- I: a
& Y0 r4 m8 `7 {( E  k. _  a7 y# f
! ^- l. M5 v# W5 W
具有传统诊断技术无可比拟的优势' t# Z: K. Q: M$ G, n

4 y8 |  u( `0 P- O

) E4 {# c7 f3 q" i( v/ D9 o" E9 E: c" h

* u' P% D4 U) e9 ?核型分析
! \& b- d, p' A- O, Z( TFISH 		4 z" S/ G$ J# a0 [) E+ `8 T# D
ArrayCGH

3 V; L1 d; }; Z; ^7 Q! T适用样本类型
" |3 A; ], k  b' J( w6 Z有限
9 r/ h( I  Z1 @# F; P. s有限
  k9 x4 N; @7 V$ k: \广泛

# a! _- u8 T- @; W: }+ v1 J检测范围 		8 t* q& Y. n! z) S( Z
46条染色体		' G% |' U" s1 \* M" i/ h
已知序列特定区段		, E, t6 H! Z7 a$ w$ Q5 t; a
46条染色体

$ n& S; J/ S) Y6 t4 |! P. G分辨率 		# u! f/ P, }% I; ~
5-10Mb		' J) A/ r2 @* R4 \7 x- d% T
大于300kb
8 ]1 m4 E/ q' q8 |" }7 p30Kb
+ l! Z" T! a: {% p% v& z9 B
覆盖疾病种类		$ x0 V2 D( b" s4 o
少 		) t9 l. k* A+ X1 T# n4 d8 [- _. R
少 		! w, ?- e* _- H9 o% N
大于200种
8 ~2 J' a! _) L; F
检测时间
* \, o0 G' ^' _* l3 y% j4周
1 f% n0 K. i. V' d2 _4周
  [9 A& B) w1 z( N7-10天
/ L9 G) U; s3 `, L
检测效能
* N# i2 |6 m2 @4 `( d全部染色体
  q) S  ^/ u8 ]( P一次仅能检测
7 H/ l( h0 A; d2 q数个位点
, J$ q6 Y$ T% A$ b, Z全基因组覆盖
% ?& O3 g  x  L7 q5 l
操作难易度
4 H" c7 x' B9 ]需细胞培养，存在人为误差		+ y& N( a0 E( g  L
要求高，存在人为误差		, k: n& f  I# q
无需细胞培养，人为误差小

  X; }  u. F6 J工作量
  M. D5 z; z/ D+ J5 [7 |, y人工操作，工作量大		; u: a* Z4 f8 X1 _# o( J9 ]! R
人工操作，工作量大		5 J. @' l1 d9 W& R9 J9 Z, o. H% P. A
自动化，工作量小

  m' ^8 |5 D1 P! p2 X5 c! i% D
% S) b/ J# k/ E  \1 N8 X; j
& T" X8 @. G% ^0 q. L) j
( m( G4 k% Q! Y1 Y5 Y
  k9 @2 V! X9 m7 f; t) y# n* J8 j: y' o0 I7 Q) u0 M5 K) D3 a5 i
Array CGH在产前诊断领域可用于：
' Y. l: e  ?) g: \$ A
* ^7 N9 t" s8 O! U& [
作者: 小丫    时间: 2013-12-1 21:39
工作中您是否曾面临这样的困扰：
% R; z8 O- L3 g$ b6 e9 U0 ], l  e
  C& H: G" e2 O

, I4 ~% ?% O( f. v: u8 P3 S, d* D9 y/ \4 Q7 n: P
; t2 d5 Y4 e" a- x

* S7 j! z% B5 Y, s4 ^. m( }. p" A' p$ t# L; i9 x: g
1 d) {8 F' _) }1 h
Array CGH技术可以为您的工作排忧解难
* E4 f, ^; n8 Z8 \8 R
* x. v2 a3 X+ d# h! e; b* M$ b; s/ l
众多的研究发现，即使胎儿核型分析正常，仍可能存在未被发现的染色体畸变。
, I9 p* D' R: n+ g9 q& TRonald J. Wapner等人对3822例核型正常的样本用ArrayCGH检测，发现96例（2.5%）存在致病或可能致病的染色体拷贝数变异（copy number variations,CNVs）。其中，在超声异常但核型正常的人群中，发现6.0%的染色体致病CNVs；在高龄或唐筛高风险人群中，该比率分别为1.7%和1.6%。
产前诊断指征
正常核型
Array CGH检测结果
良性CNVs
致病CNVs
不确定CNVs
致病的CNVs &可能致病的CNVs
可能良性CNVs
可能致病CNVs
高龄
1966
628（31.9%）
9（0.5%）
37（1.9%）
25（1.3%）
34（1.7%）
唐筛高风险
729
247（33.9%）
3（0.4%）
13（1.8%）
9（1.2%）
12（1.6%）
超声异常
755
247（32.7%）
21（2.8%）
16（2.1%）
24（3.2%）
45（6.0%）
其他
372
112（30.1%）
2（0.5%）
3（0.8%）
3（0.8%）
5（1.3%）
总计
3822
1234（32.3%）
35（0.9%）
69（1.8%）
61（1.6%）
96（2.5%）
1 }$ A7 ^3 e" V
参考文献：Wapner RJ, et al. Chromosomal microarray versus karyotyping forprenatal diagnosis. N Engl J Med 2012;367:2175-84.
' D7 e( ?+ c+ y
( U' p# \- U* V6 [& S) u' l% o7 V" A! ]5 j7 _9 w) K2 ^2 m4 x
Aparna Prasad等人比较了Array CGH与另一芯片检测平台SNPArray在检测泛自闭症障碍（autism spectrumdisorder，ASD）患者方面的优劣。分析了615个ASD患者，发现有64%与ASD致病相关的原发性CNVs仅被Array CGH发现，而SNPArray却漏掉了。
( W! j. s8 j' J9 K
参考文献：A. Prasad, et al. A Discovery Resource of Rare Copy NumberVariations in Individuals with Autism Spectrum Disorder. G3 (Bethesda). 2012Dec;2(12):1665-85.



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