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; L# \- Y# w! d# u' n3 _% Z
1、starBase
6 s5 T7 j: J" m0 U" a& X一个高通量实验数据CLIP-Seq（或称为HITS-CLIP,PAR-CLIP,iCLIP）和mRNA降解组测序数据支持的microRNA靶标数据库,包含了miRNA-mRNA，miRNA-lncRNA，miRNA-circRNA，miRNA-ceRNA 和RNA-protein等的调控关系。整合和构建多个流行的靶标预测软件的交集和调控关系。最新版本发布时间：2013年11月。* x- _' h3 o# P8 J* C, v% X, y. r
网址：http://starbase.sysu.edu.cn/
* Z Y5 Z1 m8 E. T: q/ v0 d2、miRbase4 J3 ]! z5 x4 v* ?) A
众所周知的microRNA基因注释数据库。目前miRBase只提供了microRNA的靶标的预测软件的链接（如：PicTar）。最新版本发布时间：2010年9月。网址：http://mirbase.org/index.shtml
7 h+ _8 c1 B& ~6 @0 p( s% [+ A7 Z, L3 m4 m' s; K
3、ChIPBase
+ n q6 x5 ]9 ]7 j0 N |整合CLIP-Seq和ChIP-Seq的数据探讨microRNA的转录和转录后调控，构建转录因子->microRNA->靶标的调控网络。最新版本发布时间：2012年11月。
/ b7 Q9 ]5 P+ ^* r8 W$ c& A' t网址：http://deepbase.sysu.edu.cn/chipbase/$ k) i: C) f( B5 T1 P1 l. m5 s
4、Tarbase
( ]# I9 \# V1 Z4 j+ a7 z一个收集已被实验验证的microRNA靶标数据库。最新版本发布时间：2009年1月。7 A1 ~6 T" r- j7 O2 k3 b- v
网址：http://microrna.gr/tarbase/% g/ `1 }0 @/ u, @
5、miRecords
. v5 ~3 z" T v. X3 _4 B m一个整合的microRNA靶标数据库。整合多个靶标预测软件的调控关系。最新版本发布时间：2010年11月。: g: g! L- D8 l7 i* c' _* R' X6 ^
网址：http://mirecords.biolead.org/6 H) B$ h1 _# _* V" P: Y* e( n
6、targetScan
/ O2 C3 \+ g8 |) c1 n9 I, M基于靶mRNA序列的进化保守等特征搜寻动物的microRNA靶基因。是预测microRNA靶标假阳性率较低的软件。而且是microRNA领域大牛Bartel实验室开发的。最新版本发布时间：2009年4月。# D, Z9 p: A5 }0 v
网址：http://www.targetscan.org/
5 o2 Y) h+ n3 @7 G% }7、PicTar6 Y' U# i6 I8 {4 w9 U
基于microRNA或microRNA靶标联合作用等特征开发的搜寻动物的microRNA靶基因。假阳性率也较低。是microRNA领域大牛Rajewsky实验室开发的。最新版本发布时间：2007年3月。
- O7 m( k; F5 m9 A/ |( f. ]网址：http://pictar.mdc-berlin.de/
( Z# g, |0 o; r1 B8、PITA. P* x: m+ u( \6 k7 I' h
基于靶位点的可接性和自由能预测microRNA的靶标。是著名的生物信息学家Segal实验室开发的。最新版本发布时间：2008年8月。
0 y* {5 `; T9 r. m! c6 l/ [" z) m: l4 E0 @网址：http://genie.weizmann.ac.il/pubs/mir07/mir07_data.html/
6 q0 c i& |/ t( ]' Y* p9、RNA22
X/ h: N/ s2 }* `; S基于序列特征预测microRNA的结合位点。是几个流行的microRNA靶标预测软件的其中一个。IBM公司的研究团队开发的。最新版本发布时间：2007年。
' J9 n8 R' i- O( f网址：http://cbcsrv.watson.ibm.com/rna22.html/
1 e& {/ {- a |+ y. m7 F& B( Y10、miRanda和microRNA.org
$ p- a! e4 \# O3 H是著名的MemorialSloan-Kettering 癌症研究中心的研究人员开发的软件和数据库。miRanda的最新版本又叫mirSVR。最新版本发布时间：2010年8月。& z* }, k9 u8 |0 H" ]+ K. k' E
网址：http://www.microrna.org/microrna/home.do/% T0 p# r. ~+ ?* T2 Y
11、MicroCosm/ |5 u7 @) o! x/ Y' E% K! I
EMBL-EBI的Enright 实验室开发的microRNA靶标数据库。最新版本发布时间：2010年8月。- f5 x8 i% l) M4 A
网址：http://www.ebi.ac.uk/enright-srv/microcosm/htdocs/targets/v5/
' _ u$ l3 {" P3 e1 p+ C9 k9 T5 p12、miRTarBase
# j. ~1 I7 E7 S* W- T2 @; [整合实验证实的microRNA靶标的数据库。最新版本发布时间：2010年10月。* _3 V3 L( o F. T1 I S2 q0 T4 V& F
网址：http://mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw/index.html/
) ]4 T) d! a% T# _13、miRGator v2.0
+ X5 g9 \* G# U2 P9 T6 M/ T6 s% b整合microRNA表达、靶标和疾病相关信息的数据库。最新版本发布时间：2010年11月。4 j" ^2 ]/ t% H4 ?0 n5 j# L/ t
网址：http://mirgator.kobic.re.kr:8080/MEXWebApp/+ j( q+ g& G0 _- m! c
14、MiRNAMap/ r: P- w" `: [- L' Y& n; ]
动物的microRNA基因及其靶标的数据库。最新版本发布时间：2008年1月。2 u6 _8 {6 x1 i9 Z6 G5 w
网址：http://mirnamap.mbc.nctu.edu.tw/
& g" S) a) N3 j$ s0 P: c r) \2 @15、miRDB
( q! L9 c; i/ G动物microRNA靶标预测和功能注释数据库。最新版本发布时间：2010年8月。; k$ y/ S5 \0 t0 G$ }
网址：http://mirdb.org/miRDB/9 b7 N' v. F4 L, O3 Y
16、RNAhybrid
* c" `; [* \9 r一个基于miRNA-target配对自由能预测microRNA的靶标。最新版本发布时间：2011年6月。
+ _( y! _' \6 W* s5 J) w% b网址：http://bibiserv.techfak.uni-bielefeld.de/+ v- Y- ~' f# z. `
17、miRGen
5 ~3 Q9 y/ P- A$ Q1 k3 amicroRNA基因和microRNA靶标数据库。最新版本发布时间：2007年1月。
$ ~) @/ L& C4 _; ?1 |网址：http://www.diana.pcbi.upenn.edu/miRGen.html/ |
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发表于 2014-8-15 14:58:05
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